ה"כולל" ע"ש יהושע אליהו ראהר שוכן ב"בית יהונתן" אשר ב"כפר התימנים" העתיק ההולך ונבנה מחדש על אדמותיו הגזולות. הכולל הוקם באייר תשס"ו כדי לתת חיזוק כפול להתיישבות – האחד, לחזק את הנוכחות היהודית במקום במשך שעות היום, כאשר "בית יהונתן" מתרוקן ממרבית יושביו היוצאים לענייניהם. והשני, להיות מקור להשפעה רוחנית שתחזק את האחיזה במקום תורה – מגנא ומצלא"
בראשות הכולל עומד הרב שמואל שטרן שליט"א, בוגר ישיבת "מרכז הרב" ור"מ לשעבר בישיבות "אור עציון" ו"עטרת נחמיה" בתל אביב.
בכולל לומדים גמרא בעיון, את כל סדר מועד דף אחר דף, מיסודות הסוגיה ועד לפסקי ההלכה. כמו כן, נלמדים בעומק נושאים באמונה, ברוח הראי"ה קוק זצ"ל ובית מדרשו.
מטרת הכולל להכשיר תלמידי חכמים לתפקידי רבנות וחינוך מתוך ידיעה עמוקה ורחבה בסוגיות ההלכתיות ונכוּנות להעמדת התורה בכל גודלה בעם ישראל.